DrL 图布局生成器 — layout_with_drl • igraph 网络分析库

DrL 是一个力导向图布局工具箱，专注于真实世界的大规模图，由 Shawn Martin 及其在桑迪亚国家实验室的同事开发。

用法

layout_with_drl(
  graph,
  use.seed = FALSE,
  seed = matrix(runif(vcount(graph) * 2), ncol = 2),
  options = drl_defaults$default,
  weights = NULL,
  dim = c(2, 3)
)

with_drl(...)

参数

graph: 输入图，可以是无向图或有向图。
use.seed: 逻辑标量，是否使用 seed 参数中给出的坐标作为起点。
seed: 一个两列的矩阵，如果 use.seed 为 TRUE，则表示顶点的起始坐标。否则，它将被忽略。
options: 布局生成器的选项，一个命名列表。请参见下面的详细信息。
weights: 边的权重。它必须是一个正数值向量，NULL 或 NA。如果它是 NULL 并且输入图具有 ‘weight’ 边属性，则将使用该属性。如果为 NULL 并且不存在此类属性，则边将具有相等的权重。如果该图具有 ‘weight’ 边属性，但您不希望将其用于布局，请将其设置为 NA。较大的边权重对应于更强的连接。
dim: ‘2’ 或 ‘3’，它指定我们是需要二维还是三维布局。请注意，由于 DrL 算法的性质，三维布局需要更长的时间来计算。
...: 传递给 layout_with_drl()。

值

一个两列的数值矩阵。

详细信息

此函数实现了力导向 DrL 布局生成器。

生成器具有以下参数

edge.cut: 边缘切割在算法的后期阶段进行，以实现密度较低的布局。如果边缘上存在很大压力（目标函数总和中的大值），则会切割边缘。边缘切割参数是 0 到 1 之间的值，其中 0 表示没有边缘切割，1 表示最大边缘切割。
init.iterations: 第一阶段的迭代次数。
init.temperature: 起始温度，第一阶段。
init.attraction: 吸引力，第一阶段。
init.damping.mult: 阻尼，第一阶段。
liquid.iterations: 迭代次数，液态阶段。
liquid.temperature: 起始温度，液态阶段。
liquid.attraction: 吸引力，液态阶段。
liquid.damping.mult: 阻尼，液态阶段。
expansion.iterations: 迭代次数，扩展阶段。
expansion.temperature: 起始温度，扩展阶段。
expansion.attraction: 吸引力，扩展阶段。
expansion.damping.mult: 阻尼，扩展阶段。
cooldown.iterations: 迭代次数，冷却阶段。
cooldown.temperature: 起始温度，冷却阶段。
cooldown.attraction: 吸引力，冷却阶段。
cooldown.damping.mult: 阻尼，冷却阶段。
crunch.iterations: 迭代次数，挤压阶段。
crunch.temperature: 起始温度，挤压阶段。
crunch.attraction: 吸引力，挤压阶段。
crunch.damping.mult: 阻尼，挤压阶段。
simmer.iterations: 迭代次数，煨炖阶段。
simmer.temperature: 起始温度，煨炖阶段。
simmer.attraction: 吸引力，煨炖阶段。
simmer.damping.mult: 阻尼，煨炖阶段。

还有五个预定义的参数设置，分别称为 drl_defaults$default、drl_defaults$coarsen、drl_defaults$coarsest、drl_defaults$refine 和 drl_defaults$final。

参考文献

请参见以下技术报告：Martin, S., Brown, W.M., Klavans, R., Boyack, K.W., DrL: Distributed Recursive (Graph) Layout. SAND Reports, 2008. 2936: p. 1-10。

参见

有关其他布局生成器，请参见 layout()。

作者

Shawn Martin (http://www.cs.otago.ac.nz/homepages/smartin/) 和 Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com 开发了 R/igraph 接口和三维版本。

示例


g <- as_undirected(sample_pa(100, m = 1))
l <- layout_with_drl(g, options = list(simmer.attraction = 0))
plot(g, layout = l, vertex.size = 3, vertex.label = NA)