HRG 树状图绘图

将分层随机图绘制为树状图。

用法

# S3 method for class 'igraphHRG'
plot_dendrogram(x, mode = igraph_opt("dend.plot.type"), ...)

参数

x

一个 igraphHRG，一个分层随机图，由 fit_hrg() 函数返回。

mode

要使用的树状图绘图函数。详见下文。

...

要提供给树状图绘图函数的其他参数。

值

返回绘图函数的返回值，plot.phylo、plot.dendrogram 或 plot.hclust。

详细信息

plot_dendrogram() 支持三种不同的绘图函数，通过 mode 参数选择。默认情况下，绘图函数取自 dend.plot.type igraph 选项，它有以下可能的值

• auto 自动选择绘图函数。由于 plot.phylo 最复杂，因此只要 ape 包可用，就会选择它。否则，使用 plot.hclust。

• phylo 使用 ape 包中的 plot.phylo。

• hclust 使用 stats 包中的 plot.hclust。

• dendrogram 使用 stats 包中的 plot.dendrogram。

不同的绘图函数接受不同的参数集。当使用 plot.phylo (mode="phylo") 时，我们有以下语法

    plot_dendrogram(x, mode="phylo", colbar = rainbow(11, start=0.7,
            end=0.1), edge.color = NULL, use.edge.length = FALSE, \dots)

上面未记录的额外参数

• colbar 边的颜色条。

• edge.color 边的颜色。如果 NULL，则使用 colbar 参数。

• use.edge.length 传递给 plot.phylo。

• dots 要传递给 plot.phylo 的其他参数。

plot.hclust 的语法 (mode="hclust")

    plot_dendrogram(x, mode="hclust", rect = 0, colbar = rainbow(rect),
            hang = 0.01, ann = FALSE, main = "", sub = "", xlab = "",
            ylab = "", \dots)

上面未记录的额外参数

• rect 一个数值标量，要在树状图上标记的组的数量。树状图被切割成正好 rect 组，并通过 rect.hclust 命令标记它们。如果您不想标记任何组，请将其设置为零。

• colbar 通过 rect 参数标记顶点组的矩形的颜色。

• hang 叶节点的位置，这对应于 plot.hclust 的 hang 参数。

• ann 是否注释绘图，plot.hclust 的 ann 参数。

• main 绘图的主标题，plot.hclust 的 main 参数。

• sub 绘图的副标题，plot.hclust 的 sub 参数。

• xlab 水平轴上的标签，传递给 plot.hclust。

• ylab 垂直轴上的标签，传递给 plot.hclust。

• dots 要传递给 plot.hclust 的其他参数。

plot.dendrogram 的语法 (mode="dendrogram")

    plot_dendrogram(x, \dots)

额外的参数只是传递给 as.dendrogram()。

作者

Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com

示例

g <- make_full_graph(5) + make_full_graph(5)
hrg <- fit_hrg(g)
plot_dendrogram(hrg)