将分层社群结构绘制为树状图。
用法
plot_dendrogram(x, mode = igraph_opt("dend.plot.type"), ...)
# S3 method for class 'communities'
plot_dendrogram(
x,
mode = igraph_opt("dend.plot.type"),
...,
use.modularity = FALSE,
palette = categorical_pal(8)
)
参数
- x
包含图的社群结构的对象。 详见
communities()
。- mode
要使用的树状图绘图函数。 详见以下细节。
- ...
要提供给树状图绘图函数的其他参数。
- use.modularity
逻辑标量,是否使用模块化值来定义分支的高度。
- palette
用于彩色绘图的调色板。
详细信息
plot_dendrogram()
支持三种不同的绘图函数,通过 mode
参数选择。 默认情况下,绘图函数取自 dend.plot.type
igraph 选项,它有以下可能的值
auto
在绘图函数之间自动选择。 由于plot.phylo
是最复杂的,因此只要ape
包可用,就会选择它。 否则使用plot.hclust
。phylo
使用ape
包中的plot.phylo
。hclust
使用stats
包中的plot.hclust
。dendrogram
使用stats
包中的plot.dendrogram
。
不同的绘图函数采用不同的参数集。 使用 plot.phylo
(mode="phylo"
) 时,我们有以下语法
plot_dendrogram(x, mode="phylo", colbar = palette(),
edge.color = NULL, use.edge.length = FALSE, \dots)
上面未记录的额外参数
colbar
边的颜色条。edge.color
边颜色。 如果NULL
,则使用colbar
参数。use.edge.length
传递给plot.phylo
。dots
传递给plot.phylo
的其他参数。
plot.hclust
的语法 (mode="hclust"
)
plot_dendrogram(x, mode="hclust", rect = 0, colbar = palette(),
hang = 0.01, ann = FALSE, main = "", sub = "", xlab = "",
ylab = "", \dots)
上面未记录的额外参数
rect
数字标量,要在树状图上标记的组数。 树状图被切割成正好rect
组,并通过rect.hclust
命令标记它们。 如果您不想标记任何组,请将其设置为零。colbar
通过rect
参数标记顶点组的矩形的颜色。hang
叶节点的位置,这对应于plot.hclust
的hang
参数。ann
是否注释绘图,plot.hclust
的ann
参数。main
绘图的主标题,plot.hclust
的main
参数。sub
绘图的副标题,plot.hclust
的sub
参数。xlab
水平轴上的标签,传递给plot.hclust
。ylab
垂直轴上的标签,传递给plot.hclust
。dots
传递给plot.hclust
的其他参数。
plot.dendrogram
的语法 (mode="dendrogram"
)
plot_dendrogram(x, \dots)
额外的参数只是传递给 as.dendrogram()
。
参见
社群检测 as_membership()
、cluster_edge_betweenness()
、cluster_fast_greedy()
、cluster_fluid_communities()
、cluster_infomap()
、cluster_label_prop()
、cluster_leading_eigen()
、cluster_leiden()
、cluster_louvain()
、cluster_optimal()
、cluster_spinglass()
、cluster_walktrap()
、compare()
、groups()
、make_clusters()
、membership()
、modularity.igraph()
、split_join_distance()
、voronoi_cells()
作者
Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com
示例
karate <- make_graph("Zachary")
fc <- cluster_fast_greedy(karate)
plot_dendrogram(fc)