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将分层社群结构绘制为树状图。

用法

plot_dendrogram(x, mode = igraph_opt("dend.plot.type"), ...)

# S3 method for class 'communities'
plot_dendrogram(
  x,
  mode = igraph_opt("dend.plot.type"),
  ...,
  use.modularity = FALSE,
  palette = categorical_pal(8)
)

参数

x

包含图的社群结构的对象。 详见communities()

mode

要使用的树状图绘图函数。 详见以下细节。

...

要提供给树状图绘图函数的其他参数。

use.modularity

逻辑标量,是否使用模块化值来定义分支的高度。

palette

用于彩色绘图的调色板。

返回绘图函数的返回值,plot.phyloplot.dendrogramplot.hclust

详细信息

plot_dendrogram() 支持三种不同的绘图函数,通过 mode 参数选择。 默认情况下,绘图函数取自 dend.plot.type igraph 选项,它有以下可能的值

  • auto 在绘图函数之间自动选择。 由于 plot.phylo 是最复杂的,因此只要 ape 包可用,就会选择它。 否则使用 plot.hclust

  • phylo 使用 ape 包中的 plot.phylo

  • hclust 使用 stats 包中的 plot.hclust

  • dendrogram 使用 stats 包中的 plot.dendrogram

不同的绘图函数采用不同的参数集。 使用 plot.phylo (mode="phylo") 时,我们有以下语法


    plot_dendrogram(x, mode="phylo", colbar = palette(),
            edge.color = NULL, use.edge.length = FALSE, \dots)

上面未记录的额外参数

  • colbar 边的颜色条。

  • edge.color 边颜色。 如果 NULL,则使用 colbar 参数。

  • use.edge.length 传递给 plot.phylo

  • dots 传递给 plot.phylo 的其他参数。

plot.hclust 的语法 (mode="hclust")


    plot_dendrogram(x, mode="hclust", rect = 0, colbar = palette(),
            hang = 0.01, ann = FALSE, main = "", sub = "", xlab = "",
            ylab = "", \dots)

上面未记录的额外参数

  • rect 数字标量,要在树状图上标记的组数。 树状图被切割成正好 rect 组,并通过 rect.hclust 命令标记它们。 如果您不想标记任何组,请将其设置为零。

  • colbar 通过 rect 参数标记顶点组的矩形的颜色。

  • hang 叶节点的位置,这对应于 plot.hclusthang 参数。

  • ann 是否注释绘图,plot.hclustann 参数。

  • main 绘图的主标题,plot.hclustmain 参数。

  • sub 绘图的副标题,plot.hclustsub 参数。

  • xlab 水平轴上的标签,传递给 plot.hclust

  • ylab 垂直轴上的标签,传递给 plot.hclust

  • dots 传递给 plot.hclust 的其他参数。

plot.dendrogram 的语法 (mode="dendrogram")


    plot_dendrogram(x, \dots)

额外的参数只是传递给 as.dendrogram()

作者

Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com

示例


karate <- make_graph("Zachary")
fc <- cluster_fast_greedy(karate)
plot_dendrogram(fc)