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读取外部文件格式

来源: R/foreign.R
read_graph.Rd

read_graph() 函数能够从文件或 HTTP 连接中读取各种表示形式的图。支持多种格式。

用法

read_graph(
  file,
  format = c("edgelist", "pajek", "ncol", "lgl", "graphml", "dimacs", "graphdb", "gml",
    "dl"),
  ...
)

参数

file

要读取的连接。可以是本地文件，也可以是 http 或 ftp 连接。也可以是带有文件名的字符串或 URI。

format

字符常量，用于指定文件格式。目前支持 edgelist、pajek、ncol、lgl、graphml、dimacs、graphdb、gml 和 dl，默认为 edgelist。从 igraph 0.4 开始，此参数不区分大小写。

...

其他参数，请参见下文。

值

一个图对象。

详细信息

read_graph() 函数可能具有其他参数，具体取决于文件格式（format 参数）。请参阅下面每种文件格式的详细信息。

边列表格式

此格式是一个简单的文本文件，其中包含定义边的数字顶点 ID。无需在边之间使用换行符，简单的空格也可以。文件中包含的顶点 ID 假定从零开始。

其他参数

n

图中的顶点数。如果它小于或等于文件中最大的整数，则将被忽略；因此可以安全地将其设置为零（默认值）。

directed

逻辑标量，用于指定是否创建有向图。默认值为 TRUE。

Pajek 格式

目前，igraph 仅支持带有 .net 扩展名的 Pajek 网络文件，而不支持带有 .paj 扩展名的 Pajek 项目文件。仅支持网络数据；不支持排列、层次结构、聚类和向量。

NCOL 格式

其他参数

predef

文件中顶点的名称。如果此处给出 character(0)（默认值），则将按照顶点在 .ncol 文件中出现的顺序将顶点 ID 分配给顶点名称。如果它不是 character(0) 并且在 .ncol 文件中找到一些未知顶点名称，则将为它们分配新的顶点 ID。

names

逻辑值，如果为 TRUE（默认值），则顶点的符号名称将作为名为“name”的顶点属性添加到图中。

weights

是否将边的权重作为名为“weight”的边属性添加到图中。"yes" 添加权重（即使它们不存在于文件中，在这种情况下，它们被假定为零）。"no" 不添加任何边属性。"auto"（默认值）仅当输入文件中至少有一个显式边权重时才添加该属性。

directed

是否创建有向图（默认值：FALSE）。由于此格式最初仅用于无向图，因此文件中没有关于图的定向性的信息。

GraphML 格式

GraphML 是一种基于 XML 的文件格式，用于表示各种类型的图。目前，igraph 中仅实现了最基本的导入功能：它可以读取没有嵌套图和超边的 GraphML 文件。

index

整数，指定从包含多个图的 GraphML 文件中读取哪个图。默认为 0，表示第一个图。

LGL 格式

.lgl 格式由 Large Graph Layout 可视化软件使用 (https://lgl.sourceforge.net)，它可以描述无向的可选加权图

names

逻辑值，指示是否将顶点名称作为名为“name”的顶点属性添加。默认值为 TRUE。

weights

是否将边的权重作为名为“weight”的边属性添加到图中。"yes" 添加权重（即使它们不存在于文件中，在这种情况下，它们被假定为零）。"no" 不添加任何边属性。"auto"（默认值）仅当输入文件中至少有一个显式边权重时才添加该属性。

directed

逻辑值，指示是否创建有向图。默认值为 FALSE。

DIMACS 格式

这是一种面向行的文本文件 (ASCII) 格式。每行的第一个字符定义行的类型。如果第一个字符是 c，则该行是注释行，将被忽略。文件中有一行问题行（p），它必须出现在任何节点和弧描述符行之前。问题行有三个字段，用空格分隔：问题类型（max 或 edge）、图中的顶点数和边数。在 MAX 问题中，需要恰好两个节点识别行 (n)，一个用于源顶点，一个用于目标顶点。这些行有两个字段：顶点的 ID 和顶点的类型，s (= 源) 或 t (= 目标)。弧线以 a 开头，有三个字段：源顶点、目标顶点和边容量。在 EDGE 问题中，每个节点可能有一行节点行 (n)。它指定节点索引和一个整数节点标签。没有指定显式标签的节点将使用其索引作为标签。在 EDGE 问题中，每条边都指定为边线 (e)。

directed

逻辑值，指示是否创建有向图。默认值为 TRUE。

DL 格式

这是 UCINET 使用的一种简单的文本文件格式。有关示例，请参阅 http://www.analytictech.com/networks/dataentry.htm。igraph 支持此处描述的所有形式。还支持顶点名称和边权重，它们将作为属性添加。（如果附加了属性处理程序。）请注意，规范中没有提及格式是否区分大小写。对于 igraph，DL 文件区分大小写，即 Larry 和 larry 是不同的。

directed

逻辑值，指示是否创建有向图。默认值为 TRUE。

GML 格式

GML 是一种非常通用的文本格式。有关实现的细节，请参阅 cClibrary 的链接文档。

GraphDB 格式

这是一种二进制格式，用于 ARG 图数据库中的同构测试。有关更多信息，请参阅 https://mivia.unisa.it/datasets/graph-database/arg-database/

directed

逻辑值，指示是否创建有向图。默认值为 TRUE。

参见

write_graph()

外部格式读取器 graph_from_graphdb(), write_graph()

作者

Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com

read_graph_dimacs_flow(), read_graph_dl(), read_graph_edgelist(), read_graph_gml(), read_graph_graphdb(), read_graph_graphml(), read_graph_lgl(), read_graph_ncol(), read_graph_pajek().