将图以某种格式写入文件

write_graph() 是一个用于将图导出为外部文件格式的通用函数。用于数据交换的推荐格式是 GraphML 和 GML。

用法

write_graph(
  graph,
  file,
  format = c("edgelist", "pajek", "ncol", "lgl", "graphml", "dimacs", "gml", "dot",
    "leda"),
  ...
)

参数

graph: 要导出的图。
file: 一个连接或一个字符串，给出要将图写入的文件名。
format: 字符串，给出文件格式。目前实现了 pajek、graphml、dot、gml、edgelist、lgl、ncol、leda 和 dimacs。从 igraph 0.4 开始，此参数不区分大小写。
...: 其他格式特定的参数，请参见下文。

值

一个 `NULL`，不可见。

边列表格式

edgelist 格式是一个简单的文本文件，每行一条边，两个从零开始的数字顶点 ID 用空格字符分隔。请注意，顶点的索引从零开始。该文件按第一列和第二列排序。此格式没有其他参数。

NCOL 格式

此格式是一个纯文本边列表，其中顶点按名称而不是数字 ID 引用。边权重可以有选择地写入。附加参数

names: 一个顶点属性的名称，用于获取顶点名称，或者 NULL 以使用从零开始的数字 ID。
weights: 一个边属性的名称，用于获取边权重，或者 NULL 以省略边权重。

Pajek 格式

提供 pajek 格式仅用于与 Pajek 软件互操作。由于该格式没有正式规范，因此不建议用于一般数据交换或存档。

LGL 格式

.lgl 格式被 Large Graph Layout 可视化软件使用 (https://lgl.sourceforge.net)，它可以描述无向的可选加权图。

names: 用于顶点名称的顶点属性的名称，如果为 NULL，则使用数字 ID。
weights: 用于边权重的边属性的名称，如果为 NULL，则省略权重。
isolates: 逻辑值，是否在文件中包含孤立顶点。默认值为 FALSE。

DIMACS 格式

这是一种面向行的文本文件 (ASCII) 格式。每行的第一个字符定义行的类型。如果第一个字符是 c，则该行是注释行，将被忽略。有一个问题行（文件中的 p），它必须出现在任何节点和弧描述符行之前。问题行有三个字段，用空格分隔：问题类型（max 或 edge）、顶点数和图中的边数。在 MAX 问题中，需要正好两个节点识别行 (n)，一个用于源顶点，一个用于目标顶点。这些有两个字段：顶点的 ID 和顶点的类型，可以是 s（=源）或 t（=目标）。弧线以 a 开头，有三个字段：源顶点、目标顶点和边容量。在 EDGE 问题中，每个节点可以有一条节点线 (n)。它指定节点索引和一个整数节点标签。没有指定显式标签的节点将使用其索引作为标签。在 EDGE 问题中，每条边都指定为一条边线 (e)。

source: 源顶点的数字 ID。
target: 目标顶点的数字 ID。
capacity: 用于边容量的边属性的名称，如果为 NULL，则使用“capacity”属性（如果存在）。

GML 格式

GML 是一种非常通用的文本格式。

id: 要使用的可选数字顶点 ID。
creator: 可选字符串，指定文件的创建者。

GraphML 格式

GraphML 是一种基于 XML 的文件格式，用于表示各种类型的图。当数字属性值为 NaN 时，它将从文件中省略。此函数假定属性名称和字符串属性值中的非 ASCII 字符采用 UTF-8 编码。如果不是这种情况，则生成的 XML 文件将无效。不允许使用控制字符，即字符代码最高为 31（制表符、回车符和换行符除外）。

prefixAttr: 逻辑值，是否为属性名称添加前缀，以确保顶点/边/图属性的唯一性。默认值为 TRUE。

LEDA 格式

此函数将图以 LEDA 格式写入输出流。请参阅 http://www.algorithmic-solutions.info/leda_guide/graphs/leda_native_graph_fileformat.html 目前对 LEDA 格式的支持非常基础； igraph 仅写入 LEDA 图部分，该部分支持一个选定的顶点和边属性，没有布局信息或视觉属性。

vertex.attr: 要包含在文件中的顶点属性的名称。
edge.attr: 要包含在文件中的边属性的名称。

DOT 格式

DOT 是广为人知的 GraphViz 软件使用的格式，有关详细信息，请参见 https://graphviz.cn。 DOT 格式的语法可以在这里找到：https://graphviz.cn/doc/info/lang.html 这只是一个初步实现，没有写入可视化信息。此格式仅用于与 Graphviz 互操作。不建议用于数据交换或存档。

参考文献

Adai AT, Date SV, Wieland S, Marcotte EM. LGL：使用可视化超大型生物网络算法创建蛋白质功能图谱。 J Mol Biol. 2004 Jun 25;340(1):179-90。

参见

read_graph()

外部格式读取器 graph_from_graphdb(), read_graph()

作者

Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com

write_graph_dimacs_flow(), write_graph_dot(), write_graph_edgelist(), write_graph_gml(), write_graph_graphml(), write_graph_leda(), write_graph_lgl(), write_graph_ncol(), write_graph_pajek()。

示例


g <- make_ring(10)
file <- tempfile(fileext = ".txt")
write_graph(g, file, "edgelist")
if (!interactive()) {
  unlink(file)
}

用法

参数

值