图的顶点上定义的某个距离矩阵的多维标度。
用法
layout_with_mds(graph, dist = NULL, dim = 2, options = arpack_defaults())
with_mds(...)参数
- graph
输入图。
- dist
用于多维标度的距离矩阵。如果为
NULL（默认值），则使用未加权的最短路径矩阵。- dim
layout_with_mds()支持的最大维度为节点数减一，但前提是图是连通的；对于非连通图，唯一可能的值是 2。这是因为merge_coords()仅在 2D 中有效。- options
目前已被忽略，因为 ARPACK 不再用于解决特征值问题
- ...
传递给
layout_with_mds()。
详细信息
layout_with_mds() 使用经典多维标度（Torgerson 标度）来生成坐标。多维标度旨在将来自更高维度空间中的点放置在（通常）二维平面中，以便尽可能地保持点之间的距离。
默认情况下，igraph 使用最短路径矩阵作为节点之间的距离，但用户可以通过 dist 参数覆盖此设置。
警告：如果图对于两个顶点的交换是对称的（例如连接到同一父节点的树的叶子），则经典多维标度可能会为这些顶点分配相同的坐标。
此函数分别为每个图组件生成布局，然后通过 merge_coords() 合并它们。
参考文献
Cox, T. F. and Cox, M. A. A. (2001) Multidimensional Scaling. Second edition. Chapman and Hall.
参见
其他图布局：add_layout_(), component_wise(), layout_(), layout_as_bipartite(), layout_as_star(), layout_as_tree(), layout_in_circle(), layout_nicely(), layout_on_grid(), layout_on_sphere(), layout_randomly(), layout_with_dh(), layout_with_fr(), layout_with_gem(), layout_with_graphopt(), layout_with_kk(), layout_with_lgl(), layout_with_sugiyama(), merge_coords(), norm_coords(), normalize()
作者
Tamas Nepusz ntamas@gmail.com 和 Gabor Csardi csardi.gabor@gmail.com
示例
g <- sample_gnp(100, 2 / 100)
l <- layout_with_mds(g)
plot(g, layout = l, vertex.label = NA, vertex.size = 3)
